Flore intestinale : comment elle influence l’apparition des maladies

iStock / Getty

Sa formation commence dès la naissance, sa composition est unique pour chaque individu. Notre régime alimentaire, notre activité physique, le stress, la génétique, la prise de médicaments… l’influencent. Composé de milliers de milliards de bactéries, le microbiote intestinal est considéré comme notre deuxième cerveau. Depuis quelques années, il fait l’objet d’un véritable engouement de la part des chercheurs.

Améliorer l’efficacité des thérapies anticancéreuses
Appelé aussi flore intestinale, le microbiote pourrait venir en renfort des traitements anticancéreux. L’immunothérapie (on administre un anticorps capable de réveiller le système immunitaire du patient), utilisée depuis quelques années dans le traitement du mélanome, ainsi que des cancers bronchiques et rénaux, bénéficierait en effet d’un petit coup de pouce de certaines bactéries intestinales. Comment ? Elles influenceraient la capacité du système immunitaire à résister naturellement au cancer. Des travaux français ont ainsi montré que lorsque les patients atteints de mélanome et traités par immunothérapie ont une flore riche en certaines bactéries (les Faecalibacterium et les Firmicutes), ils répondent mieux au traitement.
Cette découverte pourrait ouvrir la voie à une meilleure identification des malades pouvant bénéficier de traitements immunologiques. « L’analyse du microbiote du patient pourrait devenir un test systématique avant la mise en œuvre d’un protocole, explique le Pr Laurence Zitvogel, directrice du laboratoire d’immunologie des tumeurs et d’immunologie contre le cancer, à l’Institut Gustave-Roussy. L’idée serait aussi de supplémenter les patients atteints de cancer qui seraient dépourvus de ces bactéries stimulantes pour le système immunitaire, ou en auraient en quantité insuffisante, afin d’améliorer la réponse à leur traitement. »

Transformer les bactéries en médicaments
Les chercheurs s’intéressent de très près aux vertus curatives des bactéries. L’une des voies étudiées est la transplantation fécale. Cette méthode consiste à implanter un microbiote normal chez un patient malade, afin de reconstituer une flore digestive équilibrée. Pour l’heure, cette option thérapeutique est seulement indiquée, et reconnue efficace, pour lutter contre les infections intestinales récidivantes à Clostridium difficile. Cette bactérie se développe dans le côlon à la suite d’un traitement antibiotique intense et provoque diarrhées, fièvre et parfois même la perforation du côlon. Dans huit cas sur dix, la flore intestinale saine du donneur permet d’éradiquer la bactérie devenue résistante aux antibiotiques. En France, cette pratique est très encadrée. Le Groupe français de transplantation fécale (GFTF) a émis des recommandations nationales de bonnes pratiques, afin d’assurer la meilleure sécurité possible aux patients.
Cette technique pourrait-elle s’étendre à d’autres pathologies ? C’est que tentent de découvrir le Pr Harry Sokol, gastro-entérologue à l’hôpital Saint-Antoine (Paris) et son équipe, à propos des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, les MICI. Ils ont évalué, durant trois ans, l’impact d’une transplantation de la flore intestinale chez une vingtaine de patients atteints de la maladie de Crohn. Les résultats devraient être connus d’ici fin 2017. « C’est une affection complexe, nous devons encore faire face à certaines contraintes, comme les questions de compatibilité entre le microbiote du donneur et celui du receveur, reconnaît le Pr Sokol. Tout le monde ne se laisse pas forcément « coloniser » facilement. En outre, il semblerait que, contrairement à l’infection à Clostridium difficile, une seule greffe ne suffise pas. Ce qui implique des greffes répétées avec le risque de transmettre des infections du donneur à l’hôte. Ce geste thérapeutique n’est pas anodin. » « À terme, il est plus probable que l’on tende vers la transplantation de microbiote artificiel, autrement dit, réalisé à partir de bactéries identifiées comme étant bénéfiques pour traiter la maladie et cultivées en laboratoire afin de limiter les risques », poursuit Harry Sokol.

Concevoir une nouvelle génération de prébiotiques et probiotiques
Autre piste de recherche, celle de l’alimentation et notamment les prébiotiques. Ces fibres présentes dans les fruits et légumes (asperges, artichauts, topinambours, banane, pommes, etc.) stimulent la croissance ou l’activité des bactéries intestinales. « Or on sait que plus la diversité des bactéries intestinales est favorisée, plus cela a un effet bénéfique sur la santé », note le Pr Karine Clément, directrice d’équipe Inserm à l’Institut de cardiométabolisme et nutrition (ICAN), à l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière (Paris) dont les travaux ont permis de mieux comprendre le rôle du microbiote dans l’obésité.  » À l’avenir, on peut imaginer étudier le microbiote de chaque patient obèse, grâce aux progrès des techniques de séquençage du génome des bactéries, et, en fonction des bactéries présentes, lui prescrire une ordonnance alimentaire, poursuit-elle. Ce serait un premier pas vers la nutrition personnalisée. »
Idem pour les probiotiques de nouvelle génération. Aujourd’hui, les produits existant sont principalement des ferments lactiques, dont l’intérêt thérapeutique est peu démontré. Demain, ces nouveaux probiotiques pourraient être constitués de micro-organismes vivants (bactéries, levures) issus du microbiote intestinal et spécifiquement sélectionnés pour leurs effets thérapeutiques sur telle ou telle maladie.

Définir une autre « empreinte digitale » 
Le microbiote est unique et différent selon chaque individu. Mais pourrait-il un jour permettre de nous identifier ? C’est ce qu’ont démontré des chercheurs de l’École de santé publique de Harvard, aux États-Unis. En analysant des prélèvements de selles de 120 personnes, ils sont parvenus à établir une « carte d’identité » bactérienne pour chacune d’entre elles. L’étude du microbiote pourrait ainsi devenir un nouveau moyen d’identification au même titre que l’ADN ou les empreintes digitales.

Lire aussi Maux de ventre, les alternatives phyto 

Publié le dans Check-up

Sur le même thème